Il Museo di Paleontologia venne istituito nel 1932 dalle collezioni fossili presenti nel Museo di Mineralogia. Ha sede nel Chiostro dei Santi Marcellino e Festo ed è uno dei musei di scienze naturali del Centro Musei delle Scienze Naturali e Fisiche.
Dal 1996, nel museo di Paleontologia di Napoli, è presente un esemplare fossile proveniente dall’America del Nord.

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